1842年，基督(新)教傳入福建，經歷百年的曲折道路，福音在八閩大地上扎根，發芽，生長，并且開花結果。1949年，新中國成立后，福建教會遵循自治、自養、自傳的原則，沿著愛國愛教的道路開拓前進，在20世紀50年代和80年代分別成立了福建省基督教三自愛國運動委員會和福建省基督教協會（簡稱“福建兩會”），帶領、協調全省教會穩步發展。

    福建兩會下設：教會治理、神學教育、農村教會、文字出版、外事工作、婦女事工、教會自養與社會服務、反異端邪教和圣樂事工9個工作委員會和神學思想建設推進小組，與全省10個設區市兩會和61個縣（市、區）兩會齊心協力建造教會。

   1979年中國教會恢復禮拜，福建廈門的新街堂率先重新開放后，福建教會本著圣經真理的教導，遵照教義、禮儀和傳統，開展豐富多彩的教務事工，并制訂了一系列的規章制度來指導、規范教會的建設和管理，確保教會健康成長。

   在上主的恩眷下，福建教會日益興旺，得救的人數天天增加。至2012年，全省共有信徒126萬人，牧師352位，傳道3000多位；教堂1850座，聚會點2510多處。如今，全省同工同道同心合意，彼此配搭，沿著“治好、養好、傳好”的方向繼續在全省各地為福音事工打美好的勝仗，為主作美好的時代見證。

   為滿足教會發展對教牧人員的需要，加強神學教育工作，1982年，省兩會重新創辦了福建神學院，2003年7月，神學院正式辦為三年制的專科學院。至今，共培養了164位神學大專畢業生，98位中專畢業生。而全省各主要縣市也相繼創辦了“基督教培訓中心”，培養教會所需要的人才。同時，教會也不斷選送學員到金陵協和神學院、華東神學院及歐美、新加坡和香港的神學院學習深造，以適應發展的需要。

   為供應信徒的靈性追求，幫助他們在真道上扎根，激發其生命的追求和見證，福建教會很重視文字出版和發行工作。自1992年至今，已先后編印出版《年歷表》、《溪水旁》、《馬太福音淺釋》、《十字架信息》和《難忘的歷程》等十幾種屬靈書刊，設立書刊銷售部；并在全省10個設區市分設書刊代售點，供應了信徒日用的靈糧。       

    作為普世教會的一個肢體，福建教會重視并珍惜與其他國家和地區教會之間的友好往來。改革開放以來，接待來自歐、美、澳和東南亞及港澳臺等20多個國家和地區的教會團體和個人的訪問。同時也組團或參加全國組團出訪許多國家和地區的教會和機構。通過這些友好往來，增進了與普世教會間的相互了解，建立了友誼。

    針對教會主體在基層農村和姐妹占教會多數的特點，福建教會定期組織教牧人員到基層農村舉辦巡迴布道、培訓、培靈和退修等事工。并充分發揮女性和退休專業人士的弟兄姐妹的作用，參與各項教會事工和社會公益事業，服務眾人，表彰基督的愛，以整體立場在福建各地榮神益人。